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メタゲノム解析用リファレンス16S RNA配列データセット
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広島大学 大学院統合生命科学研究科 ゲノム情報科学研究室 |
坊農 秀雅 |
RNA配列データベース |
- |
Kraken2によるメタゲノムデータ解析で使える16S RNA配列データセット |
CC 表示
詳細 |
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jPOSTデータベース
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jPOSTチーム |
石濱 泰 |
プロテオミクス |
- |
jPOSTデータベースは、jPOSTリポジトリに登録されたプロテオームデータに対して統一された基準で再解析した結果を収録したデータベースです |
CC0
詳細 |
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LigandBox
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次世代天然物化学技術研究組合 |
福西 快文 |
構造データベース-低分子 |
- |
計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベース |
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ChemTHEATRE
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愛媛大学 沿岸環境科学研究センター |
仲山 慶 |
化学物質のモニタリングデータ |
- |
ChemTHEATREは、環境中の化学物質のモニタリング結果を集めたデータベースです。 |
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詳細 |
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KEGG MEDICUS
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京都大学化学研究所金久研究室 |
金久 實 |
疾患、薬剤 |
ヒト |
疾患・医薬品・環境物質などのデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したデータベース |
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詳細 |
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RefEx
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
小野 浩雅 |
遺伝子発現 |
ヒト・マウス・ラット |
4種類の測定方法による各組織における遺伝子発現状況の数値データのデータベース |
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核酸医薬品データベース
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産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター |
福井 一彦 |
核酸医薬品 |
- |
バイオ医薬品として知られる核酸医薬品の承認薬や、臨床試験における治験段階の情報をまとめたデータベース |
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詳細 |
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jPOSTリポジトリ
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jPOSTチーム |
石濱 泰 |
プロテオミクス |
- |
質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリ |
CC0
詳細 |
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SPD
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農研機構 |
小松 節子 |
プロテオミクス関連 |
Glycine max |
浸水ストレス下のダイズから得られたプロテオーム、トランスクリプトーム、メタボロームのデータベース |
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詳細 |
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カイコ参照トランスクリプトームデータ
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- |
横井 翔 |
マイクロアレイデータ関連 |
Bombyx mori |
カイコの新規参照ゲノム配列とカイコP50T系統における複数の器官由来のRNAseqデータから確立した参照トランスクリプトームデータとその関連データ |
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詳細 |
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GGGenome dataset
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
内藤 雄樹 |
塩基配列 |
- |
ゲノムや転写産物から塩基配列を高速に漏れなく検索するツールであるGGGenome用の検索データです |
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KNApSAcK Core
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ファンシーアニマル♪長さ10cmから販売 シーチング 生地 布 動物＆レース ドット柄 ファンシー 大人かわいい アニマル柄 コットン イエロー |
金谷 重彦 |
代謝 |
生物全般 |
二次代謝物と生物種の関係についてのデータベース |
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科学技術用語形態素解析辞書
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バイオサイエンスデータベースセンター |
建石 由佳 |
辞書 |
- |
JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義語を、形態素解析エンジンMeCabのユーザー辞書として使える形にしたデータベース |
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詳細 |
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AOE
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
坊農 秀雅 |
マイクロアレイデータ |
- |
AOEは、公共データベースに登録された遺伝子発現データについて、各種統計情報から検索・閲覧・比較することができるデータベースです。 |
CC 表示
詳細 |
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FANTOM5
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理化学研究所 生命医科学研究センター |
林崎 良英 |
発現 |
ヒト、マウス、イヌ、ラット、アカゲザル、ニワトリ |
ヒトやマウスの様々な細胞種における転写産物や転写因子の活性に関するデータベース |
CC 表示 詳細 |
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PoSSuM
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makita(マキタ) 丸のこ チップソー A-07799 140mm×刃数36P 一般木材用 |
富井 健太郎 |
構造データベース-低分子 |
- |
タンパク質上の低分子結合サイトを推定するためのデータベース |
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詳細 |
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医学・薬学予稿集全文データベース
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
川本 祥子 |
文献 |
- |
医学・薬学関係の学会や研究会、医師会の年会・大会・集会の予稿集に掲載された記事の書誌情報とスキャン画像のデータベース |
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詳細 |
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ライフサイエンス 新着論文レビュー
|
ライフサイエンス統合データベースセンター |
飯田 啓介 |
文献 |
- |
日本人を著者とする生命科学分野の論文について、論文の著者自身の執筆による日本語レビュー |
CC 表示
詳細 |
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ライフサイエンス 領域融合レビュー
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
飯田 啓介 |
文献 |
- |
第一線の研究者が執筆した生命科学分野における最新の研究成果の日本語レビュー |
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詳細 |
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NBDC NikkajiRDF
|
科学技術振興機構 |
- |
化合物 |
- |
日本化学物質辞書（日化辞）のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベース |
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詳細 |
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HHDB
|
国立研究開発法人 量子科学技術研究開発機構 量子ビーム科学研究部門 |
玉田 太郎 |
立体構造 |
生物全般 |
水素及び水和水を含むタンパク質や核酸の立体構造データ（中性子回折法や高分解能Ｘ線回折法による）に含まれる水素結合のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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Mouse Basement Membrane Bodymap
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科学技術振興機構 |
関口 清俊 |
タンパク質の局在とターゲッティング |
マウス |
発生中のマウス胚における基底膜タンパク質の局在性を示す画像のデータベース |
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日化辞 InChI対応表
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科学技術振興機構 |
- |
化合物 |
- |
日本化学物質辞書（日化辞 Nikkaji）の化合物IDとInChIおよびInChIKeyの対応に関するデータベース |
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詳細 |
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YAKUZEN
|
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 |
金谷 重彦 |
薬膳レシピ |
- |
食材が持つ効能 (性味,帰経など) と薬膳レシピのデータベース |
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詳細 |
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PGDBj 登録生物種リスト・マーカーリスト・QTLリスト・DBリンク・ゲノム解析手法
|
かずさDNA研究所 |
田畑 哲之 |
植物ゲノム |
植物・藻類・緑藻 |
モデル生物と作物を含む植物種について、基本情報、マーカー、QTL、DBリンク、ゲノム解析手法の情報を整理したデータベース |
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詳細 |
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GENIUS II
|
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
諏訪 牧子 |
タンパク質配列DB |
バクテリア、古細菌、真核生物 |
多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて
各生物種ゲノムの全ORFを構造既知の
タンパク質の立体構造に帰属したデータベース |
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詳細 |
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HATODAS - 重原子データベース
|
理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター |
国島 直樹 |
立体構造 |
生物全般 |
タンパク質のＸ線結晶解析で行われる重原子化の事例を収集したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
GRIPDB
|
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
根本 航 |
タンパク質構造 |
ヒト |
Gタンパク質共役型受容体同士の相互作用ペアについての情報を提供するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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MicrobeDB.jp
|
国立遺伝学研究所 |
黒川 顕 |
ゲノム情報 |
古細菌、真正細菌 |
ゲノム情報を核として様々な微生物学上の知識を統合したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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Togo Picture Gallery
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
小野 浩雅 |
画像コレクション |
- |
生命科学分野の誰でも自由に閲覧・利用できる無料の画像のコレクション。 |
CC 表示
詳細 |
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TogoTV
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
小野 浩雅 |
動画コレクション |
- |
生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を紹介する動画のコレクション |
CC 表示
詳細 |
| |
抗体医薬品データベース
|
産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター |
福井 一彦 |
抗体医薬品 |
- |
抗体医薬品について、承認薬や臨床試験における3段階の治験段階の情報をまとめたデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
SKIP幹細胞情報データベース
|
慶應義塾大学医学部臨床遺伝学センター/幹細胞情報室 |
小崎 健次郎 |
遺伝子、疾患 |
ヒト |
各研究機関が保有するヒト幹細胞サンプルに関する情報を集約したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
PGDBj - オルソログデータベース
|
かずさDNA研究所 |
中谷 明弘 |
オルソログ |
緑色植物、ラン藻 |
異なる生物種間におけるアミノ酸配列の類似性に基づいた遺伝子のオルソログ情報を蓄積したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
シロイヌナズナフェノームデータベース
|
理化学研究所バイオリソースセンター |
桝屋 啓志 |
表現型 |
シロイヌナズナ |
理研で作成されたシロイヌナズナ変異体観察情報とその表現型のデータ、公刊された文献由来の表現型のデータからなるシロイヌナズナの表現型データベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
DB-SPIRE
|
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
野口 保 |
タンパク質構造 |
- |
実験的または配列解析によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
dbQSNP
|
九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 |
林 健志 |
遺伝子多型 |
ヒト |
ヒトゲノム上のSNPを探索し、そのアレル頻度を種々のプールDNAのSSCP解析により決定したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
TMFunction
|
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
グロミハ マイケル |
タンパク質構造 |
- |
α-ヘリックス及びβ-バレル型膜タンパク質に含まれる機能的残基のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
PSCDB
|
名古屋大学情報科学研究科 |
雨宮 崇之 |
タンパク質構造 |
- |
タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
NITE NBRC Yeast Image Collection
|
独立行政法人 製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター |
川崎 浩子 |
画像 |
酵母 |
酵母の3種の形状（細胞、菌糸、胞子）画像と、撮影時の培地条件に関するデータを収録したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Autophagy Database
|
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 |
菅原 秀明 |
タンパク質配列、代謝系/シグナル伝達経路-タンパク質・タンパク質相互作用、タンパク質構造 |
ショウジョウバエ、マウス、ヒト、出芽酵母など |
多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Legenda
|
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
日紫喜 光良 |
遺伝子、疾患 |
ヒト |
文献から抽出した疾患-遺伝子-物質との関係を納めた疾患情報テキストマイニングデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
ConfC
|
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
野口 保 |
タンパク質構造、低分子、核酸構造 |
- |
PDB (Protein Data Bank)内のタンパク質立体構造から動的情報を抽出したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
H-InvDB
|
東海大学 医学部 基礎医学系 分子生命科学 情報生物医学研究室 |
今西 規 |
塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位 |
ヒト |
ヒトのすべての転写産物を対象とし、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアントなどの精査されたアノテーション情報を提供する統合データベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
SSBD
|
国立研究開発法人 理化学研究所 |
大浪 修一 |
動態データベース |
マウス、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、大腸菌 |
顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
ChIP-Atlas
|
京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座 |
沖 真弥 |
発現 |
ヒト、マウス、ショウジョウバエ、線虫、酵母、ラット |
Sequence Read Archiveで公開されているChIP-Seqデータを再解析したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Metabolonote
|
かずさDNA研究所 |
櫻井 望 |
実験手法 |
生物全般 |
メタボロミクス研究で取得された実験データに対する詳細な実験手法の情報（メタデータ）を専門に管理するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
MassBank
|
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 |
西岡 孝明 |
質量分析 |
- |
代謝物質（基礎代謝、植物二次代謝標準物質）を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース |
-
詳細 |
| |
SAHG
|
産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター |
本野 千恵 |
タンパク質構造、ヒトORF、タンパク質配列 |
ヒト |
ヒトゲノム由来の全タンパク質配列の立体構造モデルを予測し、結果を視覚的に表示したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
eDDASs
|
農業環境変動研究センター |
對馬 誠也 |
メタゲノム |
糸状菌、細菌、線虫 |
国内の農耕地の土壌微生物を示すeDNA解析情報のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
fRNAdb
|
産業技術総合研究所 臨海副都心センター |
光山 統泰 |
RNA配列 |
32,978生物種 |
文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
CREATE portal
|
かずさDNA研究所 |
古閑 比佐志 |
プロテオミクス |
マウス |
抗体を作製して274種類のマウスKIAA遺伝子の発現を解析したInGaPと、50種類のマウスKIAAタンパク質の相互作用を解析したInCePを収録したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RPD
|
農業生物資源研究所 |
小松 節子 |
プロテオミクス |
イネ |
イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
JSNP
|
東京大学 医科学研究所 |
- |
遺伝子多型 |
ヒト |
日本人の持つ約19万7000の多型データにアノテーション（遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等）を付加したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RED II INAHO
|
農業生物資源研究所 |
菊池 尚志 |
植物データベース-イネ、マイクロアレイ、遺伝子発現 |
イネ |
60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RED
|
農業生物資源研究所 |
菊池 尚志 |
植物データベース-イネ、マイクロアレイ、遺伝子発現 |
イネ |
イネゲノムプロジェクトにおいて8987ESTアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
ASTRA
|
産業技術総合研究所 |
長崎 英樹 |
塩基配列データベース-遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位 |
6生物種（ヒト、マウス、ショウジョウバエ、線虫、シロイヌナズナ、イネ） |
6真核生物種のゲノム中の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
MassBase
|
かずさDNA研究所 |
荒 武 |
分子生物学、代謝 |
154生物種 |
質量分析装置による代謝産物の分析データを、生データに近い形で蓄積・公開するためのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RMOS
|
農業生物資源研究所 |
菊池 尚志 |
実験解析技術・方法 |
イネ |
イネのマイクロアレイプロジェクトで作成されたマイクロアレイとその関連情報 |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RGP physicalmap
|
農業生物資源研究所 |
佐々木 卓治 |
YACクローン |
イネ |
RGPのDNAマーカーで選抜されたイネYACクローンの物理マッピング |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RGP caps
|
農業生物資源研究所 |
佐々木 卓治 |
DNAマーカー |
イネ |
イネの多型検出のために開発されたDNAマーカー（STSマーカーおよびCAPSマーカー）のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RGP estmap2001
|
農業生物資源研究所 |
佐々木 卓治 |
EST |
イネ |
YACベースのイネ転写産物地図作成に使用されたEST部位情報のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
GlycoProtDB
|
産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センターグライコプロテオーム解析チーム |
梶 裕之 |
構造―糖 |
線虫、マウス、ヒト |
質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の糖結合位置のデータベース。 |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
PCDq
|
産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター |
今西 規 |
タンパク質 |
ヒト |
予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RGP gmap2000
|
農業生物資源研究所 |
佐々木 卓治 |
DNAマーカー |
イネ |
イネの高密度連鎖地図（2000年版）作成に使用されたRFLPマーカーのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
TMBETA-GENOME
|
産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター |
グロミハ マイケル |
タンパク質 |
古細菌、真正細菌、真核生物 |
ゲノム配列の解読が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ−バレル型膜タンパク質のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
DNA ProbeLocator
|
産業技術総合研究所 |
日紫喜 光良 |
DNA配列 |
ヒト |
多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングしたデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
OpenPML
|
バイオ産業情報化コンソーシアム |
- |
遺伝型－表現型データ記述形式 |
- |
遺伝型－表現型データ記述形式の標準化規格PML について記述したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RGP gmap98
|
農業生物資源研究所 |
佐々木 卓治 |
DNAマーカー |
イネ |
イネの高密度連鎖地図作成に使用されたRFLPマーカーのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RPSD
|
農業生物資源研究所 |
山崎 俊正 |
立体構造 |
イネ |
イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造に関するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RGP gmap
|
農業生物資源研究所 |
美濃部 侑三 |
DNAマーカー |
イネ |
イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
KAIKOcDNA
|
農業生物資源研究所 |
末次 克行 |
cDNA |
カイコ |
カイコの部分的cDNA配列にアノテーションを付与したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
KNApSAcK MetalMine
|
前橋工科大学 生命情報学科 生命情報化学研究室 |
中村 建介 |
タンパク質 |
生物全般 |
金属イオン結合タンパク質のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
おもしろい糸状菌
|
DELA デラ リッピング用光ディスクドライブ D100-C-J 新品 |
- |
図鑑 |
菌類 |
海洋性の糸状菌17種について、顕微鏡写真、学名、形態の説明をまとめたデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
PLACE
|
農業生物資源研究所 |
肥後 健一 |
発現制御 |
植物 |
高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説等を付加したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
SEVENS
|
産業技術総合研究所 ゲノム情報研究センター |
諏訪 牧子 |
タンパク質 |
真核生物 |
7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
KNApSAcK Bicycle
|
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 計算システムズ生物学研究室 |
金谷 重彦 |
代謝 |
各種藻類 |
藻類のタンパク質と二次代謝反応の情報を集めたデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
GenLibi
|
科学技術振興機構 |
- |
文献 |
ヒト、マウス、ラット |
JST文献情報JDream IIから得られた遺伝子機能や関連する疾患／表現型を提供するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Integbioデータベースカタログ
|
バイオサイエンスデータベースセンター |
- |
カタログ |
- |
生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースの説明や生物種などの属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベース |
CC0
詳細 |
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KNApSAcK FoodProcessor
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金谷 重彦 |
代謝 |
植物、動物、菌類、藻類 |
レトルト・カレーと配合食材の関係をもとに構築された加工食品の成分に関するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
KNApSAcK DietDish
|
【納期約3週間】ICF-B09D [SONY ソニー] 手回し充電ラジオ(オレンジ) ICFB09D |
金谷 重彦 |
代謝 |
生物全般 |
食材間の食べ合わせ情報に関するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity)
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金谷 重彦 |
代謝 |
生物全般 |
代謝物の生物活性情報に関するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Trypanosomes Database
|
文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム |
菅原 秀明 |
タンパク質 |
トリパノソーマ、ヒト |
トリパノソーマ症に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Q-TARO
|
農業生物資源研究所 |
米丸 淳一 |
QTL |
イネ |
文献から集めたイネのQTL情報のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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AT Atlas
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文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム |
菅原 秀明 |
その他の分子生物学データベース、実験解析技術・方法 |
生物全般 |
ターゲットタンパク研究プログラムで開発された技術の図解のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
TP Atlas
|
文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム |
菅原 秀明 |
代謝系/シグナル伝達経路 |
ヒト、細菌、各種モデル生物 |
ネットワーク図をプラットフォームとしたターゲットタンパク研究成果データベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RMG
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農業生物資源研究所 |
門脇 光一 |
DNA配列 |
イネ |
イネのミトコンドリアゲノムの配列や解析結果のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
KOME
|
農業生物資源研究所 |
菊池 尚志 |
cDNA |
イネ |
イネ完全長cDNAプロジェクトにおいて収集、全長塩基配列が決定されたイネ由来の完全長cDNAクローンの情報を収録したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
BodyParts3D
|
ライフサイエンス統合データベースセンター |
大久保 公策 |
器官 |
ヒト |
解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
WINGpro
|
科学技術振興機構 |
- |
カタログ |
- |
ライフサイエンス分野のデータベースの情報を収集、整理、分類したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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生物アイコン
|
バイオサイエンスデータベースセンター |
大久保 公策 |
画像 |
生物全般 |
細菌から動植物まで200種以上の生物種の画像（アイコン）を収録したデータベース |
CC 表示
詳細 |
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KNApSAcK Lunch Box & Tea Pot
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金谷 重彦 |
代謝 |
生物全般 |
食用植物、健康促進や薬用効果のある植物などについてのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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KNApSAcK DietNavi
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金谷 重彦 |
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生物全般 |
食材と生活習慣病の関係性についてのデータベース |
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金谷 重彦 |
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生物全般 |
世界の薬用植物と使用国の関係についてのデータベース |
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KNApSAcK KAMPO
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金谷 重彦 |
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植物、動物、菌類、藻類 |
生薬と漢方処方の効能に関するデータベース |
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KNApSAcK JAMU (IndonesiaHerb)
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金谷 重彦 |
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植物、菌類、藻類 |
インドネシア生薬に関するデータベース |
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KNApSAcK Biological Activity (Natural Activity)
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金谷 重彦 |
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植物、菌類、藻類 |
食用/薬用植物等と活性との関係についてのデータベース |
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KNApSAcK Motorcycle
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金谷 重彦 |
代謝 |
植物、細菌、菌類など |
植物、細菌、菌類などの有効成分の生合成過程に関する二次代謝反応データベース |
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生命科学系主要プロジェクト一覧
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バイオサイエンスデータベースセンター |
西川 哲夫 |
カタログ |
- |
日本国内の主要プロジェクトに関する情報（体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等）を収集したカタログ型のデータベース。 |
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ゲノム解析ツールリンク集
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科学技術振興機構 |
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カタログ |
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分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集 |
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Webリソースポータルサイト
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科学技術振興機構 |
- |
カタログ |
- |
バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたデータベース |
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eSOL
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文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム |
田口 英樹 |
蛋白質 |
大腸菌 |
試験管内合成系で大腸菌の全タンパク質を発現した際の凝集の度合い（可溶率）と、シャペロンによる凝集抑制効果のデータベース |
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tRNADB-CE
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新潟大学 工学部情報工学科バイオインフォマティクス研究室 |
阿部 貴志 |
RNA配列 |
原核生物 |
世界的に最も精度が高い、エキスパートが精査を加えたtRNA 遺伝子データベース |
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GDBS
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産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報センター |
五條堀 孝 |
遺伝子多型 |
ヒト |
多因子性疾患（関節リウマチ、尋常性乾癬、摂食障害）に関する遺伝子多型情報をタイピングにより解析したデータベース |
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ClEST
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産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 生物共生進化機構研究グループ |
森山 実 |
cDNA |
トコジラミ |
トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列(EST)のデータベース |
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Open TG-GATEs 病理写真データベース
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医薬基盤研究所 |
トキシコゲノミクスプロジェクト |
トキシコゲノミクスデータベース |
ラット |
160の化合物を用いて実施した動物試験で作製した肝臓および腎臓の病理標本の高解像度画像データベース |
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| |
Open TG-GATEs
|
医薬基盤研究所 |
トキシコゲノミクスプロジェクト |
トキシコゲノミクスデータベース |
ヒト、ラット |
170の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現と毒性のデータベース |
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詳細 |
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DIAM - 微生物情報
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バイオインダストリー協会 |
- |
文献 |
微生物全般 （ウイルス、真正細菌界、古細菌界、菌界、原生生物界を含む） |
微生物の同定・分類関連情報、安全関連情報、利用関連情報データベース |
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DIAM - バイオセイフティ関連の法規制
|
バイオインダストリー協会 |
- |
文献 |
- |
国内外のバイオセイフティ関連の法規制についての文献集およびQ&A |
CC 表示-継承
詳細 |
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GenoBase ver.6
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奈良先端科学技術大学院大学 生体情報学講座 |
森 浩禎 |
DNA配列、遺伝子構造、イントロン/エクソン、スプライス部位 |
大腸菌 |
大腸菌Escherichia coliのORF情報を中心に、遺伝子・クローン・PPI実験・文献等の関連データを収録したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Mouse B6N BAC Clone Database
|
理化学研究所バイオリソースセンター 実験動物開発室 |
吉木 淳 |
DNA配列 |
マウス |
マウス (C57BL/6N系統)のBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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DGBY
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農業・食品産業技術総合研究機構 食品総合研究所 |
安藤 聡 |
発現 |
酵母 |
パン酵母遺伝子の製パン関連ストレス下での発現と破壊株表現型を網羅的に解析したストレス耐性に関するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Fluorome
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早稲田大学 教育学部理学科 |
園池 公毅 |
変異体・表現型 |
シアノバクテリア |
原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得し、変異株間で定量比較したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
INOH
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東京大学大学院医科学研究所 |
高木 利久 |
代謝系/シグナル伝達経路 |
各種モデル生物（ヒト、マウス、ラット）を含む |
専門家が文献から抽出した生体内分子機序に関する知識（パスウェイ）を、様々な機械処理が可能な形式で電子化したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis
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農業生物資源研究所 |
篠村 知子 |
表現型 |
イネ |
イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できる システムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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FANTOM web resource
|
理化学研究所 オミックス基盤研究領域 |
林崎 良英 |
発現 |
ヒト
マウス |
CAGE法を使って得られたゲノムワイドな転写開始点等のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Medaka Full-length cDNA Database
|
自然科学研究機構 基礎生物学研究所 進化多様性生物学領域 バイオリソース研究室 |
成瀬 清 |
cDNA |
メダカ |
メダカ近交系Hd-rRⅡ1の完全長cDNAライブラリー11種に由来するcDNA配列データベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
D-HaploDB
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九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 |
林 健志 |
多型 |
ヒト |
全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプと連鎖不平衡構造のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RIKEN SSBC
|
理化学研究所 生命分子システム基盤研究領域 |
横山 茂之 |
立体構造 |
ヒト、マウス |
高等動植物等タンパク質の結晶観察画像・Ｘ線回折画像・付随実験情報のデータベース |
CC 表示-非営利-改変禁止
詳細 |
| |
Micro-Tom BAC End Sequence Database
|
筑波大学大学院生命環境科学研究科遺伝子実験センター |
浅水 恵理香 |
DNA配列 |
トマト |
トマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
PGE
|
科学技術振興機構 |
ERATO土居バイオアシンメトリプロジェクト |
発現 |
マウス |
マウス胚の初期発生における遺伝子発現パターンデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
MDeR
|
科学技術振興機構 |
- |
メタデータ要素 |
- |
ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Plabrain DB
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京都大学大学院理学研究科 生物科学専攻 生物物理学教室 分子発生学講座 |
阿形 清和 |
発現, 局在 |
プラナリア |
プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の単一細胞での発現情報と、Whole-mount in situ hybridizationおよび組織免疫染色による画像データを収録したデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
MAGEST
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東京大学 医科学研究所 |
真壁 和裕 |
cDNA |
マボヤ |
マボヤの遺伝子発現とESTのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Medaka EST Database
|
東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 動物科学大講座動物発生学研究室 |
武田 洋幸 |
cDNA、発現 |
メダカ |
メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、medaka microarray 8Kのデータ |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Heterozygosity of the Microsatellite Markers in the Japanese Population
|
九州大学 生体防御医学研究所付属遺伝情報実験センター ゲノム構造学分野 |
山本 健 |
多型 |
ヒト |
日本人におけるマイクロサテライトマーカーへテロ接合度のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
TMPDB
|
弘前大学大学院 理工学研究科 電子情報工学科 |
清水 俊夫 |
蛋白質 |
生物全般 |
膜貫通トポロジーモデルと各種トポロジー予測法の性能検証結果のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
RA target genes in the Ciona embryo
|
高知大学 理学部 応用理学科 |
藤原 滋樹 |
発現 |
カタユウレイボヤ |
カタユウレイボヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子候補のマイクロアレイによる発現解析とWhole mount in situ hybridizationによる画像のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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DIAM - 安全性に関する文献
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バイオインダストリー協会 |
- |
文献 |
- |
バイオテクノロジーにおける安全性に関する文献情報データベース |
CC 表示-継承
◆【泡づけ本舗】ＤＸへらカバン キャリー付き |
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DIAM - バイオテクノロジーの基礎知識
|
バイオインダストリー協会 |
- |
文献 |
- |
バイオテクノロジーの安全性についての解説、用語説明、Q&A |
CC 表示-継承
詳細 |
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The NAISTrap database
|
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物遺伝子機能学講座 |
石田 靖雅 |
変異体・発現 |
マウス |
遺伝子トラップで得たマウスES細胞のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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DGSP Database - Drosophila Gene Search Project Database
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首都大学東京 大学院理工学研究科 生命科学専攻 細胞遺伝学研究室 |
相垣 敏郎 |
変異体 |
ショウジョウバエ |
ショウジョウバエのGSベクター挿入系統のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
EGTC - Database for the Exchangeable Gene Trap Clones
|
熊本大学 生命資源研究・支援センター |
荒木 正健 |
変異体 |
マウス |
マウスの可変型遺伝子トラップクローンのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
Transposon insertion site database - germline
|
大阪大学大学院 医学系研究科 環境・生体機能学 |
堀江 恭二 |
変異体 |
マウス |
Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスに関するデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
KTmAbDB - C.elegans Monoclonal Antibody Collection
|
理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 発生ゲノミクス研究チーム |
杉本 亜砂子 |
局在 |
線虫 |
線虫C. elegans胚の特異的な細胞種・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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Atlas (ISH Data Base)
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筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 |
漆原 秀子 |
発現 |
粘菌 |
Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、 Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの |
CC 表示-継承
詳細 |
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GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database
|
京都工芸繊維大学 |
林 茂生 |
変異体・発現 |
ショウジョウバエ |
ショウジョウバエにおいて、Gal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
| |
WorTS - Worm TS mutant Database
|
大阪大学 微生物研究所 細胞機能分野 |
中村 邦明 |
変異体・表現型 |
線虫 |
線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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AcEST
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首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 植物環境応答研究室 |
鐘ヶ江 健 |
cDNA |
シダ |
シダのEST配列と機能アノテーション結果のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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Dicty_cDB - Dictyostelium cDNA Database
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筑波大学 大学院生命環境科学研究科 ゲノム情報 |
漆原 秀子 |
cDNA |
粘菌 |
Dictyostelium discoideum cDNAの塩基配列と機能アノテーション結果 （相同性検索・モチーフ検索・産物の局在性予測・発現特性・ゲノムへのアラインメント等）の情報を収録したもの |
CC 表示-継承
詳細 |
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Gclust Server
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東京大学大学院 総合文化研究科 広域科学専攻生命環境科学系 |
佐藤 直樹 |
蛋白質配列 |
95生物種 |
総当たりBlast比較の結果得られた, 95生物種のタンパク質配列のクラスタのデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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Budding yeast cDNA sequencing project
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東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 |
伊藤 隆司 |
cDNA |
酵母 |
出芽酵母の完全長クローンの5'cDNA配列データベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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Yeast Interacting Proteins Database
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東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻 |
伊藤 隆司 |
代謝系/シグナル伝達系パスウェイ-タンパク質相互作用 |
酵母 |
Y2Hによる出芽酵母のタンパク間相互作用のデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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DMPD (Dynamic Macrophage Pathway CSML Database)
|
東京大学 医科学研究所 |
宮野 悟 |
代謝系/シグナル伝達系パスウェイ |
ヒト、哺乳類 |
マクロファージの分化、活性化に関するパスウェイデータベース |
CC 表示-継承
詳細 |
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Arabidopsis thaliana EST index
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 |
cDNA |
シロイヌナズナ |
シロイヌナズナのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 |
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詳細 |
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Chlamydomonas reinhardtii EST index
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 |
cDNA |
クラミドモナス |
クラミドモナスのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 |
CC 表示-継承
詳細 |
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Lotus japonicusEST index
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 |
cDNA |
ミヤコグサ |
ミヤコグサのEST配列と、それらの配列とNCBIのnrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 |
CC 表示-継承
詳細 |
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Trifolium pratense EST index
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かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 |
中村 保一 |
cDNA |
ムラサキツメクサ |
ムラサキツメクサのEST配列と、それらの配列とNCBI nrデータベースとの間で行ったblastx検索結果。 |
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生命科学系データベースカタログ
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バイオサイエンスデータベースセンター |
川本 祥子 |
カタログ |
- |
生命科学系データベースの情報(URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種)を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 |
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生命科学系学協会カタログ
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バイオサイエンスデータベースセンター |
川本 祥子 |
カタログ |
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生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベース。 |
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施設名辞書
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
大久保 公策 |
辞書 |
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施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書 |
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遺伝子名称シソーラス
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ライフサイエンス統合データベースセンター |
大久保 公策 |
辞書 |
9生物種（ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌） |
9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。 |
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